本文可随意进行非商业用途的转载，但转载时最好附上本文的链接并注明转载，不然读者提问却得不到回复就太可怜了。
有什么问题想要问的，可以直接在文章后回复，我一般每天都会查看回复。
我先把自己的结论放在前头：
如果你是第一次去日本，那么不管你日语水平好不好，都推荐跟团，先把值得看的地方看过一遍。跟团的好处是办签证方便、交通方便。具体选什么样的团就不在这篇文章的讨论范围内了。
如果你日语水平不好或者完全不懂日语，那么推荐你跟团，或是去半自助游，即有自由活动日的跟团游。不懂日语的话，自助游不方便还是其次，关键在于你无法完全享受自助游应该让你享受到的东西，因为你无法充分吸收哪怕已经摆在你面前了的信息。
所以，我推荐第二次去日本并且能够进行基本的日语听说读的人选择全自助游，乐趣满满。
关于个人办理去日本的旅游签证（重要）：
日本不接受个人提交办理旅游签证的申请，这就意味着，你必须在国内找一家具备帮你办理签证的资质的旅行社。具备资质的旅行社并不少。办理签证时，需要提交往返日本的行程和住宿安排，所以很多旅行社不单独办理签证，而是要你在他们那里把机票和酒店也一起订了，这样一来办理签证方便，二来他们也有更多赚头。单独办理签证的旅行社也可以找到，但单独办理的费用相对就高一些，而且可能会需要你提供给他们你已经订好的机票和酒店的订单信息。
我这次去日本订的是携程的自助游，机票、酒店、签证都是在他家搞定，供大家参考：http://vacations.ctrip.com/freetravel/p53795s2.html
自助游必备的条件：一定要有上网条件。原因很简单，你一定会需要查地图、规划路线。不能上网简直寸步难行。如何搞定上网可以参考这篇东西。http://www.douban.com/group/topic/27835392/
关于旅游地点的选择：我个人觉得，去日本自助游有两种最佳选择，一种是畅游大城市，玩个痛快，另一种是在当地有亲朋好友的情况下找个稍微偏僻些的当地城镇。我选择的是前者，因为我在日本没有亲朋好友，而且我本人比较内向，不太擅长和陌生人打交道，还是更适合城市的商业化消费活动。
所以，我这次选择了东京和大阪作为主要游玩的两个城市，另外再加上距离大阪只需一个小时电车的神户。离东京大约一小时两小时电车程有个叫鎌倉的地方，据说自然景观不错，是个值得一游的小城市，可惜这次我行程没能留出时间去。
定好地点以后，接下来就是定好具体行程。我在东京首先定下了自己非常想去的东京Joypolis，然后定下了基本上来到日本不得不游的新宿、渋谷、Skytree、六本木等地方，再然后定了自己十分感兴趣的朝日电视台、TBS电视台、日本电视台及其商店等。（具体游记与照片请看这一篇。）
实际游下来，会发现，一天能好好游玩两个地方就已经很不错了，三个地方就算多了。因为一整天的时间里除了游玩还有路程以及美食，还穿插着散步。我这次是一个人去，步伐还算快的，如果是两个人或者更多，节奏可能会更慢。在策划行程的时候，最好用Google Maps把计划去的行程点以及落脚点都标上星号，这样可以明确地看出自己想去的地方分别在哪里，交通如何安排比较合理，到时候用Google Maps的路线规划也很方便就能选点。比如下面这张图，是我的Google Maps的情况。（如果想知道更多关于交通的内容，可以参看我这另一篇文章。）
日语比较好的人强烈推荐使用Navitime。我认为它不仅路线规划比Google Maps更加合理，规划的可选项目也更丰富。缺点就是它一定要注册账号，行程规划从试用开始只能试用7天，过后就要400日元一个月。但我觉得，如果你真的在日本待超过7天，付出这点麻烦和给这400日元是完全划算的。
大概就是这样，没什么要说的了。如果是第二次去日本，那么相信你肯定已经有自己想去的地方，那么就好好利用Google Maps等工具定下大概的行程，然后选好旅游产品，准备签证所必须的材料，一步一步地做起来吧。准备签证的时候可能会觉得很麻烦，还会担心被拒签，但是只要好好做了，其实基本不会被拒签，因为日本旅游签证的申请门槛本身就已经相当高了。具体的请参阅各旅行社旅游产品资料。